В новой системе АФ реализованы режимы зонирования и широкоугольного/следящего автофокуса, которые упрощают съемку движущихся объектов. В этих режимах используются 77 точек фокусировки, расположенных по увеличенной площади, нежели в существующей ныне 49-точечной системе. Режим зонирования позволяет выбрать в 77-точечной области группу точек размером 3х3, 5х3 или 5х5. При включенной непрерывной фокусировке AF-C камера способна непрерывно отслеживать объект съемки. Центральные зоны 3х3 и 5х3 отличаются особенно высокой скоростью фокусировки благодаря встроенным пикселям фазовой детекции.
В режиме широкоугольного/следящего автофокуса камера автоматически определяет точки в пределах 77-точечной области АФ. Фокус автоматически удерживается на объекте, который может перемещаться вертикально, горизонтально, а также удаляться или приближаться.
Fujifilm также обещает, что новая система АФ обладает более высокой точностью. В режиме точечного АФ область фокусировки делится на более мелкие фрагменты для более точного определения расстояния до объекта съемки. Чувствительность встроенных датчиков фазовой детекции увеличена с 2.5EV до 0.5EV, за счет этого автофокус работает очень быстро даже в условиях низкой освещенности и низкой контрастности объектов съемки
Реализована функция автофокуса с обнаружением глаз, при этом камера автоматически фокусируется на глазах человека. Это помогает сохранять фокус на глазах даже в сложных условиях, например, при портретной съемке с полностью открытой диафрагмой.
Кроме того, в прошивке v.4.0 реализован оптимизированный алгоритм, обеспечивающий более естественный и плавный автофокус во время съемки видео. Улучшена логика работы диска управления выдержкой, диск экспокоррекции в режиме ручной экспозиции теперь можно использовать с настройкой ISO Auto, линии на сетке кадрирования сделаны тоньше, изменено название бесшумного режима во избежание путаницы (на «SOUND & FLASH OFF»).